ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ QUAN HỆ PHÁT SINH LOÀI CỦA HỌ APOCYNACEAE DỰA TRÊN PHÂN TÍCH IN SILICO GEN matK VÀ trnH-psbA
DOI:
https://doi.org/10.59775/1859-3968.306Từ khóa:
Apocynaceae , mã vạch DNA, phân tích in silico, phát sinh loài, matK, trnH-psbA.Tóm tắt
In Silico trong sinh học là một phương pháp được sử dụng trong nhiều lĩnh vực khác nhau và đạt được nhiều thành tựu, trong các lĩnh vực đó có bảo tồn đa dạng và phân loại sinh học. Họ Trúc đào (Apocynaceae) là một trong những họ có độ đa dạng cao và đặc biệt là có độc tính cao đối với động vật và con người đặc biệt là trẻ nhỏ. Họ Trúc đào (Apocynaceae) có giá trị sử dụng đa dạng, bao gồm ứng dụng trong y học như một số loài có chứa hoạt chất được sử dụng trong điều trị ung thư. Sử dụng phương pháp in silico phân tích phát sinh loài cho các loài trúc đào có thể cung cấp dữ liệu về sự đa dạng di truyền trong mối quan hệ tiến hóa. Trong nghiên cứu này, phương pháp in silico được sử dụng để phân tích sự phát sinh cũng như mối quan hệ dựa trên gen barcoding là matK và psbA của họ Trúc đào. Tất cả các trình tự được thu thập từ trang web NCBI và được phân tích bằng một số phần mềm như bioedit, Clustal X để căn chỉnh trình tự mẫu và MEGA 11 để xây dựng và phân tích cây phát sinh loài. Nghiên cứu này là đánh giá 15 loài thuộc họ Apocynaceae bằng cách sử dụng In Silicocủa đối với 2 trình tự matK và psbA. kết quả của nghiên cứu này có thể được sử dụng làm tài liệu tham khảo để hỗ trợ chương trình nhân giống và bảo tồn Apocynaceae
Tài liệu tham khảo
Fishbein M., Livshultz T., Straub S., Simões A., Boutte J., McDonnell A. & Foote A. (2018). Evolution on the backbone: Apocynaceae phylogenomics and new perspectives on growth forms, flowers, and fruits. American Journal of Botany, 105(3), 495-513.
Cabelin V. L. D. & Alejandro G. J. D. (2016). Efficiency of matK, rbcL, trnH-psbA, and trnL-F (cpDNA) to molecularly authenticate Philippine ethnomedicinal Apocynaceae through DNA barcoding. Pharmacognosy Magazine, 12(3), 384-388.
Kress W. J. & Gostel M. R. (2022). Plant DNA Barcodes, Community Ecology, and Species Interactions. Diversity, 14(6), 453.
Mishra P., Kumar A., Sivaraman G., Shukla A. K., Kaliamoorthy R., Slater A. & Velusamy S. (2017). Character-based DNA barcoding for authentication and conservation of IUCN Red listed threatened species of genus Decalepis (Apocynaceae). Scientific Reports, 7 (1), 14910.
Bitencourt C., Nürk N., Rapini A., Fishbein M., Simões A., Middleton D. & Meve U., (2021). Evolution of Dispersal, Habit, and Pollination in Africa Pushed Apocynaceae Diversification After the Eocene-Oligocene Climate Transition. Frontiers in Ecology and Evolution, 9, 719741.
Ha B. T., Lan N. T. N., Tam N. T., Son L. Van & Mau C. H. (2018). Expression of the gene encoding deacetylvindoline 4-O-acetyl transferase (CrDAT) from Catharanthus roseus in transgenic tobacco plants. Australian Journal of Crop Science, 12(7), 1139-1143.
Diệp Thị Lan Phương, Nguyễn Thị Nghĩa, Hoàng Nữ Thùy Liên & Võ Thị Thanh Tuyền (2023). Khảo sát thành phần hoá học và tác dụng kháng khuẩn của cây lá giang (Aganonerion polymorphum Pierre ex Spire) ở Bình Định. Tạp chí Khoa học Phân tích, 29(1), 79-84.
Nguyễn Tiến Vững, Lê Anh Hào, Vũ Đức Lợi, Bùi Thị Xuân & Nguyễn Thị Thu Lan (2016). Chiết xuất, phân lập một số hợp chất từ vỏ thân cây trúc đào (Nerium Oleander L.). Tạp chí Khoa học - Y dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, 32(2), 52-57.
Ya-Na L. V., Yang C. Y., Shi L. C., Zhang Z. L., Xu A. S., Zhang L. X., Li X. L. & Li H. T. (2020). Identification of medicinal plants within the Apocynaceae family using ITS2 and psbA-trnH barcodes. Chinese Journal of Natural Medicines, 18(8), 594-605.
Mishra P., Kumar A., Nagireddy A., Mani D. N., Shukla A. K., Tiwari R. & Sundaresan V. (2016). DNA barcoding: an efficient tool to overcome authentication challenges in the herbal market. Plant Biotechnology Journal, 14(1), 8-21.
Chandrasekara C. H. W. M. R. B., Naranpanawa D. N. U., Bandusekara B. S., Pushpakumara D. K. N. G., Wijesundera D. S. A. & Bandaranayake P. C. G. (2021). Universal barcoding regions, rbcL, matK and trnH-psbA do not discriminate Cinnamomum species in Sri Lanka. PLOS ONE, 16(2), e0245592.
Pratiwi A., Kinasih A., Meidianing M. I., Kurniawan F. Y. & Semiarti E. (2023). In silico Approach for DNA Barcoding using Phylogenetic Analysis of Coelogyne spp. based on the matK, rpoC1, rbcL and nrDNA Markers. Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology, 8(3), jtbb73130.
Katoh K., Misawa K., Kuma K. & Miyata T. (2002). MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic Acids Research, 30(14), 3059-3125
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C. & Tamura K. (2018). MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution, 35(6), 1547-1549.
Ho V. T. & Nguyen M. P. (2020). An in silico approach for evaluation of rbcl and matk loci for DNA barcoding of cucurbitaceae family. Biodiversitas, 21(8), 3879-3885.
Mitchell C. (1993). MultAlin–multiple sequence alignment. Bioinformatics, 9(5), 614-615.
Wang Y., Zhang C. F., Ochieng Odago W., Jiang H., Yang J. X., Hu G. W. & Wang, Q. F. (2023). Evolution of 101 Apocynaceae plastomes and phylogenetic implications. Molecular Phylogenetics and Evolution, 180, 107688.
Govindaraj M., Vetriventhan M. & Srinivasan M. (2015). Importance of genetic diversity assessment in crop plants and its recent advances: an overview of its analytical perspectives. Genetics Research International, Volume 2015, 431487.
Panichkitkosolkul W. (2023). Bootstrap Methods for Estimating the Confidence Interval for the Parameter of the Zero-Truncated Poisson-Sujatha Distribution and Their Applications. Sains Malaysiana, 52(6), 173-1184.
Tải xuống
Đã Xuất bản
Cách trích dẫn
Số
Chuyên mục
Giấy phép
Bản quyền (c) 2025 Tạp chí Khoa học và Công nghệ Trường Đại học Hùng Vương
Tác phẩm này được cấp phép theo Giấy phép quốc tế Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDeri Phái sinh 4.0 .
